Alt fôr inneholder mugg og bakterier i små mengder, men når antallet av noen muggtyper og bakterier blir forhøyet blir det et problem. Resultat kan forekomme av feil i produksjonen, lagring eller håndteringen av fôret. Noe som igjen gjør fôret uegnet som fôr til hest eller andre dyr.

Forekomst av fremmede elementer som ølbosker, glassplinter, piggtrå, plast og papir regnes også som nedsatt hygienisk kvalitet, ettersom slike ting ikke skal finnes i fôret og som kan skade hesten. Dette gjelder faktisk også ulike former for kjemikalier og bekjempelsesmidler. Den vanligste årsaken til nedsatt hygienisk kvalitet er dog innhold av sopp/mugg og bakterien, det vil si fôrets mikrobiologi.